Con la consumación de la conquista, los territorios del imperio mexica pasaron al control de los españoles. Los indios, los vencidos, fueron despojados de sus tierras, sufrieron la destrucción de sus templos, de sus dioses y fueron perseguidos por sus creencias. Los mismos aliados de los españoles no escaparon a los abusos de los conquistadores. “Se les redujo a estrecha servidumbre, estimándoseles en menos que a animales, y sobre el asoleado bronce de sus espaldas crujieron en constante ferocidad los látigos terribles de los encomenderos, pues se creía a los infelices indios, “más semejables a bestias feroces que ha criaturas humanas” .
La llegada y vocación humanista de los frailes mitigó su condición de sufrimiento. Precisamente, a su arribo a San Juan de Ulúa, Cortés venía acompañado de fray Bartolomé de Olmedo que, si bien no fue el primero en pisar el suelo del todavía imperio mexica, si fue el primero en impulsar la religión católica. El padre Olmedo llegó con Cortés el 21 de abril de 1519, un jueves santo y desembarcaron de la nave el viernes santo. Guiados por el padre, aquél día hubo misa solemne. “Los españoles rezaron arrodillados su rosario frente a una cruz erigida en la arena. Día a día, al toque de la campana, rezaban el ángelus ante la misma cruz .
Junto al padre Olmedo estuvo también el padre secular, Juan Díaz, que vivió toda la etapa de conquista. Luego vendrían el mercedario fray Juan de las Varillas y los franciscanos fray Pedro Melgarejo y fray Diego de Altamirano. Para 1523, llegaron tres religiosos más de la orden de los franciscanos: Johann Van den Auwera, Johann Dekkers, a quienes se conoció como fray Juan de Aora y fray Juan de Tecto y Pierre de Gand, conocido con el nombre de fray Pedro de Gante. Con estos hombres bondadosos empezó la conversión de los indios por la fuerza de las palabras, no de las armas y la brutalidad. “Los misioneros por el amor de Dios y por el del prójimo eran dulce y general socorro de las aflicciones ajenas, y llenos de mansedumbre y de pobreza, contrastaban con la exaltación y con el altivo porte de conquistadores .
Sin embargo, los esfuerzos particulares, si bien importantes, fueron poco útiles para la conversión de los indios. Fue hasta mayo de 1524 que una congregación de doce frailes franciscanos llegó a Nueva España con fines de una evangelización más metódica. A este grupo se conoce como los “Doce Apóstoles”, provenientes de la provincia franciscana de San Gabriel de Extremadura, España, y constituye el principio de la evangelización sujeta a un orden y bajo un método.
La presencia de la congregación franciscana en la Nueva España se debió a los esfuerzos previos de fray Juan Clapión (Glapion) y fray Francisco de los Ángeles. Ambos frailes se disponían a viajar para evangelizar a los nuevos súbditos de la Corona de Castilla. El 25 de abril de 1521, el papa León X, a través de la bula Alias Felicis otorgó la licencia a los dos frailes para que partieran hacia América. Esta disposición fue completada por el papa Adriano VI un año después en su bula Exponi Nobis fecisti dirigida al rey Carlos V. “En ella daba a los frailes franciscanos y a los de las tres órdenes mendicantes su autoridad apostólica, en dondequiera que no hubiera obispos, o se hallarán estos a más de dos jornadas de distancia, salvo en aquello que exigiera la consagración episcopal, para cuanto les pareciera necesario para la conversión de los indios” .
Lamentablemente, murió el padre Clapión y fray Francisco de los Ángeles fue nombrado general de su orden en 1523. Sin embargo, “fue él quien organizó la misión de los Doce y escogió a fray Martín de Valencia para dirigirla” . Los doce franciscanos eran la primera misión consistente, oficial y bien organizada. Desembarcaron en Veracruz el 13 de mayo de 1524; un poco más de un mes duró su trayectoria hasta la ciudad de México, a donde entraron el 18 de junio, y el 2 de julio realizaron su primer capítulo para organizar la misión. Pobres hasta entre los indios pobres, tan abnegados y penitentes como un Tlamacazqui, honestos y desinteresados, no escatimaron un ápice de sus fuerzas, exprimidas al límite entre millones de gentes de lenguas diversas, para trabajar por el bien de los indios. Los doce franciscanos fueron:
Fray Martín de Valencia, que los encabezó.
Fray Francisco de Soto.
Fray Martín de la Coruña o de Jesús.
Fray Juan Suárez.
Fray Antonio de Ciudad Rodrigo.
Fray Toribio de Benavente (llamado Motolinia).
Fray García de Cisneros.
Fray Luis de Fuensalida.
Fray Juan de Rivas.
Fray Francisco Jiménez que recibió las órdenes al poco tiempo de llegado a la Nueva España; y dos hermanos legos, fray Andrés de Córdova y Fray Juan de Palos.
De Veracruz a Tenochtitlán, “recorrieron descalzos los cuatrocientos treinta kilómetros hasta la capital; el viaje duró del 13 de mayo al 18 de junio y fue terrible. Uno de los doce, fray Toribio de Benavente («Motolinia»), recordó que en sólo nueve kilómetros tuvieron que vadear veinticinco arroyos. El clima era duro, demasiado caluroso o demasiado seco; en la costa, los mosquitos atacaban a los frailes, y éstos tenían que guardarse de serpientes e insectos en las otras etapas .
Los doce frailes fueron recibidos por Cortés, Ixtlilzóchitl y fray Pedro de Gante en Texcoco; hecho que se considera como la primera recepción oficial de una corporación eclesiástica enviada expresamente por Roma a convertir y bautizar a los naturales de acuerdo con la ley evangélica. Al día siguiente, fray Pedro de Gante, dispuso un altar donde colocó una imagen y un crucifijo para la celebración de la primer misa cantada en Nueva España, misma que dio pie a que se construyera la iglesia de San Antonio de Padua en Texcoco. Ixtlilzóchitl fue el primero en ser bautizado, asumiendo el nombre de Don Fernando. Su padrino fue Cortés. Su hermano fue bautizado con el nombre de Pedro y su madre con el de Doña María.
Para julio de 1526, llegaron doce misioneros dominicos. Ocho de ellos, incluyendo al superior, provenían de España: fray Tomás Ortiz, fray Vicente de Santa Ana, fray Diego de Sotomayor, fray Pedro de Santa María, fray Justo de Santo Domingo, fray Pedro Zambrano, fray Gonzalo Lucero y el lego fray Bartolomé de la Calzadilla. Los otros cuatro tenían como origen la Isla Española: fray Domingo de Betanzos, fray Diego Ramírez, fray Alonso de las Vírgenes y fray Vicente de las Casas.
Debido a la fatiga del viaje y las inclemencias del tiempo, cinco de ellos murieron en menos de un año; cuatro regresaron enfermos a España; al final sobrevivieron fray Domingo de Betanzos, fray Gonzalo Lucero y fray Vicente de las Casas. A pesar del infortunio de la compañía, la provincia dominica quedo fundada en México. Dos años después “llegó fray Vicente de Santa María con seis compañeros y, a partir de esta fecha, la provincia se fue desenvolviendo de manera normal” .
El 22 de mayo de 1533, llegaron a Veracruz siete agustinos. El grupo partió para México el 27, llegando el 7 de junio. Ellos fueron:
El venerable fray Agustín Gormaz o de Coruña; superior de la expedición .
Fray Francisco de la Cruz;
Fray Jerónimo Jiménez o de San Esteban;
Fray Juan de San Román;
Fray Juan de Oseguera;
Alonso de Borja; y,
Jorge de Ávila .
Poco a poco el número de misioneros se fue incrementando y “para todo México había en 1559: 380 franciscanos, en 80 casas; 210 dominicos, en 40 casas, y 212 agustinos, también en 40 casas” . Pocos frailes, pero organizados y decididos a conseguir la conquista espiritual de México.
En 1572 —es decir a más de cuatro décadas de la aparición de la congragación de los “Doce Apóstoles” franciscanos— los jesuitas arribaron a México . El 28 de septiembre llegaron los primeros 15 miembros de la compañía que luego se convertiría en “el centro y motor principal del desarrollo de la cultura y educación de la naciente nación” . Trabajaron en los estados de Michoacán, Oaxaca, Puebla, Veracruz y Guadalajara; a principios del siglo XVII, se dirigieron a Zacatecas, Durango, Yucatán y San Luis Potosí; luego se establecerían en Sonora, Sinaloa, Chihuahua y Baja California. Al igual que los otros misioneros, a los jesuitas interesó la formación escolar de los hijos de los criollos, mestizos e indios. Entre los colegios que abrieron destaca el de San Javier en Tepotzotlán, donde los alumnos aprendían a leer, escribir, teología, latín y retórica con lo que se ganaban el derecho de asistir a la universidad en la capital.